El archivo de zona no está disponible porque los servidores de nombres establecidos no pertenecen a este registrador.

Si estas configurando los DNS en GoDaddy y te salen los siguientes mensajes:

El archivo de zona no está disponible porque los servidores de nombres establecidos no pertenecen a este registrador.
The zone file is unavailable because the domain's set nameservers do not belong to this registrar

Debes cambiar la configuracion de servidores de nombres:

Nameservers
NS39.DOMAINCONTROL.COM
NS40.DOMAINCONTROL.COM
Updated 3/4/2015
Manage

Servidores de nombres
NS39.DOMAINCONTROL.COM
NS40.DOMAINCONTROL.COM
Actualizado 04/03/2015
Administrar

y colocar de manera STANDARD para que sea el mismo GoDaddy quien lo administre.

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MYDOMAIN.NET

Nameservers point your domain to where it is located.
SETUP TYPE:
(*) Standard Go Daddy hosting, forwarding, and parked domains.
( ) Custom Customizable nameserver settings.
NAMESERVERS:
# Nameserver Status
1 NS39.DOMAINCONTROL.COM Active
2 NS40.DOMAINCONTROL.COM Active

ADD NAMESERVER
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Espera unos 5 minutos y el cammbio se realizará